Reconocido por el Padrón Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) del CONACyT.
Nuestro doctorado es un programa tutelar con formación en investigación con enfoque multidisciplinario que implica que las tesis de los estudiantes puedan incluir conceptos y métodos de varias disciplinas para el análisis del problema elegido.
El estudiante debe contar desde su ingreso con un tutor que lo oriente en la estructuración de su plan de estudios y supervise su trabajo de tesis. El tutor debe ser investigador de ECOSUR y miembro del Sistema Nacional de Investigadores (SNI); sin embargo, la tesis puede ser dirigida por un investigador de otra institución (asesor externo).
A finales del primer cuatrimestre del primer año el estudiante elegirá un Consejo Tutelar, integrado por el tutor y tres asesores, que se encargará de evaluar los avances de su tesis.
Los estudiantes pueden cursar las materias y realizar su tesis en cualquiera de las cinco unidades de ECOSUR: Campeche, Chetumal, Tapachula, San Cristóbal y Villahermosa.
La distribución del programa de investigación en las cinco unidades y el carácter multidisciplinario de ECOSUR permiten a los estudiantes realizar sus trabajos de investigación en una amplia gama de temas y localidades de la región de la frontera sur.