El Comité de Docencia es un órgano colegiado que se encarga de atender aspectos académicos del Posgrado de carácter estratégico, tales como la admisión y suspensión del estudiantado, el diseño curricular, la aprobación de los consejos tutelares y los temas de investigación, la modificación de este reglamento, el diseño de mecanismos de evaluación del profesorado y del Posgrado en forma global, el establecimiento y revisión de convenios y programas de intercambio académico del Posgrado, así como otros que afecten el funcionamiento del mismo.
El Comité de Docencia estará formado por las personas que ocupen la Dirección General, la Dirección de Posgrado, representantes de orientaciones, las Coordinaciones de Posgrado de las Unidades de la institución, la Jefatura del Departamento de Servicios Escolares de Posgrado, y la Jefatura del Departamento de Servicios Académicos del Posgrado, una representación estudiantil (indistintamente de maestría o doctorado). Los representantes del estudiantado serán nombrados libremente por sus miembros, entre el estudiantado regular en el Posgrado de la institución, para un período de un año. Para desarrollar sus actividades el Comité de Docencia podrá nombrar comisiones en las que participen sus integrantes u otros investigadores o investigadoras. Las reuniones del Comité de Docencia serán convocadas por la persona que ocupe la Dirección de Posgrado y no serán menos de tres al año.
Actualmente, el Comité de Docencia lo conforma:
| INTEGRANTES | CARGO | UNIDAD |
| Dra. Dora Elia Ramos Muñoz | Coordinadora General del Posgrado | San Cristóbal |
| Dra. Ligia Guadalupe Esparza Olguín | Responsable de orientación de Manejo y Conservación de Recursos Naturales (Maestría) | Campeche |
| Dr. Yuri Jorge Jesús Peña Ramírez | Responsable de orientación de Biotecnología Ambiental (Maestría) | Campeche |
| Dr. Miguel Ángel Ruíz Zarate. | Responsable de orientación de Ecología y Sistemática (Maestría) | Chetumal |
| Dr. Charles Keck | Responsable de orientación de Estudios de Sociedad y Cultura (Maestría) | San Cristóbal |
| Dra. Nilda Cecilia Elizondo Venencio | Responsable de orientación de Agricultura, Sociedad y Ambiente (Maestría) | San Cristóbal |
| Dr. Daniel Sánchez Guillén | Responsable de la orientación de Ecología de Artrópodos y Manejo de Plagas (Maestría) | Tapachula |
| Dra. María Azahara Mesa Jurado | Responsable de la orientación de Ciencias de la Sustentabilidad (Maestría) | Villahermosa |
| Dra. Georgina Sánchez Ramírez | Responsable de la orientación de Salud, Equidad y Sustentabilidad (Maestría) | San Cristóbal |
| Dra. Nilda Cecilia Elizondo Venencio | Responsable de la orientación de Agroecología y Sociedad (Doctorado) | Villahermosa |
| Dr. Yuri Jorge Jesús Peña Ramírez | Responsable de la orientación de Biotecnología Integrativa (Doctorado) | Campeche |
| Dr. Daniel Sánchez Guillén | Responsable de la orientación de Ecología de Artrópodos y Manejo de Plagas (Doctorado) | Tapachula |
| Dr. Charles Keck | Responsable de la orientación de Estudios de sociedad, espacios y culturas (Doctorado) | Chetumal |
| Dra. María Azahara Mesa Jurado | Responsable de la orientación de Ciencias de la Sustentabilidad (Doctorado) | Villahermosa |
| Dr. Miguel Ángel Ruiz Zárate | Responsable de la orientación de Conservación de la Biodiversidad (Doctorado) | Chetumal |
| Dra. Georgina Sánchez Ramírez | Responsable de la orientación de Salud, Equidad y Sustentabilidad (Doctorado) | San Cristóbal |
| Dra. Birgit Inge Schmook | Responsable de la Maestría profesionalizante en Ecología Internacional | Chetumal |
| Dra. Limbania Vázquez Nava | Responsable de la Maestría profesionalizante en Agroecología | San Cristóbal |
| Dr. Juan Carlos Pérez Jiménez | Coordinador de Posgrado | Campeche |
| Dra. Salima Christine Machkour M Rabet | Coordinadora de Posgrado | Chetumal |
| Dra. Carla Beatriz Zamora Lomelí | Coordinadora de Posgrado | San Cristóbal |
| Dra. Graciela Huerta Palacios | Coordinador de Posgrado | Tapachula |
| Dra. María Mercedes Castillo Uzcanga | Coordinadora de Posgrado | Villahermosa |
| L.I. Beatriz Romero Valadez | Coordinadora de Servicios Escolares | Tapachula |
| M.ED. Fanny Vera Rodríguez | Coordinadora de Servicios Académicos de Posgrado | Chetumal |
| Lic. Gerardo Peña Mis | Representante de estudiantes | Campeche |
| Lic. Miguel Angel Ruiz Guadarrama | Representante de estudiantes | Chetumal |
| Ing. Francisco Javier Torres Aguilar | Representante de estudiantes | San Cristóbal |
| Ing. Andrés Medel Sánchez Lara | Representante de estudiantes | Tapachula |
| M. en C. Miguel Angel Pérez Pérez | Representante de estudiantes | Villahermosa |