El Centro de Investigaciones Ecológicas del Sureste (CIES), se fundó en 1974 gracias a las gestiones del entonces gobernador del Estado de Chiapas, Dr. Manuel Velasco Suarez, la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) y el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT). El primer director general del CIES fue el Dr. Fernando Beltrán Hernández y la sede se ubicó en San Cristóbal de la Casas, Chiapas. Inicialmente, el CIES se enfocó a realizar investigaciones en el campo de la entomología médica. Principalmente en enfermedades infecciosas y parasitarias transmitidas por insectos. En el mismo año, se abrió otra sede en el sur del estado y fue llamada Unidad Tapachula. El M. en C. Pedro René Bodegas Valera fue el investigador pionero y coordinador de esta unidad. Por estar ubicada esta sede en una zona eminentemente agrícola, el primer proyecto fue “El Control Integrado de Plagas del Algodonero para Zonas Tropicales”, financiado por la Organización de los Estados Americanos (OEA). Otras investigaciones en esta Unidad estuvieron orientadas a confirmar la presencia de algunas especies de insectos plaga que afectaban a los cultivos de importancia económica y proponer alternativas para su control.
En 1981, mediante un convenio de intercambio académico entre la Universidad de París-Norte y el CIES, surgió el laboratorio de etología de insectos, dirigido por los Drs. Pierre Jaisson y Dominique Fresneau, quienes condujeron investigaciones sobre la sociobiología de hormigas en la selva Lacandona. En 1982, se incorporó a la Unidad Tapachula el Dr. Jaime García Perez. Posteriormente, los doctores Guillermo Ibarra, y Jorge Valenzuela. En 1983 se contrató al entonces M. en C. Juan Francisco Barrera y en 1984 al Dr. Peter S. Baker. Estas contrataciones expandieron las temáticas de investigación que había hacia cultivos como el café y cacao, mediante el estudio ecoetológico de hormigas, arañas y la broca del café. Estos estudios derivan en un proyecto bandera y de gran importancia para México y Centroamérica, que hizo posible la introducción de enemigos naturales de la broca del café desde varios países de África en 1987. Justo entonces, se incorporaron para reforzar el proyecto el Ing. Alfredo Castillo y el Ing. William de la Rosa, y en 1988 el M. en C. Francisco Infante.
En 1989 se inauguraron las actuales instalaciones de la Unidad Tapachula. Esta disponibilidad de espacio permitió el crecimiento en el número de investigadores. El grupo de Ecología Química que trabajaba en San Cristóbal de las Casas se trasladó a Tapachula y así arriban los Ingenieros Edi Malo, Leopoldo Cruz, Antonio Gutiérrez y Julio Rojas. Este grupo inició con proyectos sobre feromonas, kairomonas y alomonas de insectos de importancia médica y agrícola y después se expandió hacia otras plagas.
En los años siguientes, la Unidad Tapachula comenzó una estrategia de contratación de nuevos investigadores y ampliación de temáticas de investigación. Así se contrató en 1989 al M. en C. Octavio Jaramillo para trabajar en ecoetología, en 1990 al Dr. Pablo Liedo para dirigir el proyecto de Moscas de la Fruta. Al Ing. Marco Fabricio Castillo para dirigir un proyecto sobre digestión anaerobia y tratamiento de aguas residuales del café. Poco después se contrata al Dr. José Ernesto Sánchez para dirigir el proyecto de aprovechamiento de subproductos agropecuarios a través del cultivo de hongos comestibles y la M.C. Margarita Medina para trabajar en el proyecto Abejas de Chiapas.
En 1993 se incorporó el M. en C. Jorge Toledo Arreola para reforzar el proyecto Moscas de la Fruta y la Dra. Anne Damon para el proyecto de Broca del Café. En el año siguiente llegó el Dr. Francisco Obregón para liderar el proyecto de abejas y en 1995 se contrató a la Dra. Gabriela Pérez Lachaud y al Dr. Jean-Paul Lachaud.
En octubre de 1994 el CIES se convierte en El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR). En 1995 se amplían las temáticas de investigación y se contrata al Dr. Trevor Williams para iniciar el proyecto de Ecología de Enemigos Naturales, al Dr. Mikjail Sokolov para realizar investigaciones sobre Ecología Microbiana, y la M. en C. Graciela Huerta para reforzar el proyecto de Hongos Tropicales.
En 1996 inician los estudios sociales sobre migración humana con la contratación del M. en C. Hugo Ángeles y la M. en C. Martha Rojas. Se contrató también al Dr. Yann Hénaut en 1997 para reforzar el proyecto de Ecoetología, y al Dr. Jorge Macías, para el proyecto de ecología química. En 2000, fue contratado el Dr. Remy Vandame para liderear del proyecto de abejas. En 2012, se contrató a las Dra. Dulce Infante para el proyecto de manglares y a la Dra. Maria de los Ángeles Calixto para el proyecto de Microbiología ambiental. Finalmente, en ese mismo año se contrató al Dr. Vincenzo Bertolini para reforzar investigaciones sobre biodiversidad y ecosistemas con la Dra. Anne Damon.