La última de las 5 unidades en ser fundada, fue inaugurada el 13 de Julio de 1996. Fue la primera institución dedicada a la investigación y posgrado en tener presencia en el estado de Campeche. Su presencia se dio en respuesta a la necesidad local y regional de fortalecer la ciencia y la formación de recursos humanos con un enfoque multidisiciplinario en los temas de pesquerías, sistemas de producción alternativos y conservación de la biodiversidad.
La historia de la Unidad Campeche se divide en 4 periodos:
1996-1997. La unidad inicia sus operaciones en la ciudad de San Francisco de Campeche, bajo la dirección de el Dr. Jorge Luis Cruz Burguete, en un espacio temporal ubicado en las instalaciones del centro de Investigaciones Históricas de la Universidad Autónoma de Campeche y 2 meses después se muda a una casa rentada en el Barrio de Guadalupe.
1997-2011. Las gestiones del coordinador en turno, el Dr. Manuel Weber, permiten que la unidad se mude a una casona antigua perteneciente al gobierno del estado con número 264 en la calle 10 x 61 del centro de la ciudad de San Francisco de Campeche. Durante este período se incrementó el número de personal de investigación y técnico. Al final de este período se gestó, durante la gestión del coordinador en turno el Dr. Jorge Mendoza, el proyecto de las instalaciones propias de la unidad.
2011- 2019. La unidad Campeche se muda a las nuevas instalaciones ubicadas en Av. Rancho Polígono 2-A en Lerma Campeche. Durante este período se concretó la contratación de un mayor número de investigador y a creación de los laboratorios de pesquerías, suelos, bosques, fauna, biodiversidad marina y cambio climático (BIOMARCCA), y el invernadero de bioseguridad nivel 2 (BLS2).
2019- … La unidad Campeche continúa contribuyendo a encontrar soluciones a lo problemas complejos impuestos por una sociedad en constante cambio, a través de la formación de estudiantes de posgrado y la investigación de excelencia.