La Vinculación es un área sustantiva de ECOSUR, a través de ella se identifican, organizan y promueven procesos de vinculación, innovación, transferencia, difusión y divulgación de la ciencia de manera transversal en las cinco unidades y la Oficina de Enlace en Yucatán, para que las poblaciones marginadas del sur-sureste de México, Centroamérica y el Caribe puedan hacer uso y apropiarse de los resultados generados por la ciencia y la tecnología.

La vinculación de ECOSUR:

-Promueve la innovación y procura una mejor articulación social.

-Promueve la formación y capacitación continua en diversos sectores, entidades, organismos, grupos sociales, instituciones y sociedad en los estados y países de la frontera sur de México, Centroamérica y el Caribe.

-Se vincula con los Centros de Investigación de CONACyT e instituciones gubernamentales, educativas y privadas para lograr redes de colaboración y proyectos en conjunto

-Promueve la democratización de la ciencia y tecnología en las instituciones de educación.

-Difunde y brinda acceso a las publicaciones generadas en ECOSUR.