La Bahía de Chetumal fue decretada como área natural protegida para la conservación del manatí en 1996 por la gran relevancia que tiene esta especie en las costas de Quintana Roo. Esta bahía ofrece ciertas condiciones que favorecen la presencia de los manatíes como son la vegetación sumergida de la que se alimentan, las extensas aguas someras y diversas fuentes de agua dulce como Siete Esteros, la Caleta Calderas de Barlovento, el Río Hondo, en su lado sureste, y el imponente sistema lagunar Guerrero, en su lado noroeste , el cual se nutre de las aguas de Bacalar. En el sistema lagunar Guerrero, de 24 km cuadrados de extensión, es común observar manatíes jóvenes, hembras con cría y grupos de manatíes descansando, alimentándose o en conducta de cortejo buscando reproducirse, debido a que ofrece un ambiente de aguas tranquilas, con canales de profundidad variable y diversos arroyos rodeados de manglar. Manatíes machos marcados con transmisor satelital por ECOSUR muestran que es común que entren a este sistema lagunar en busca de hembras para aparearse. Semanas después, estos mismos machos pueden estar a más de 200 km de distancia en otro sistema lagunar ubicado al sur de la ciudad de Belice para el mismo fin, así México y Belice están unidos por los procesos reproductivos de esta especie. Recientemente el sistema lagunar Guerrero, considerado como hábitat crítico para los manatíes dentro del Santuario del Manatí, está siendo presionado por inadecuados proyectos de desarrollo con relleno de humedales para caminos y dragado en sus zonas de canales de manglar.