El programa nacional del Doctorado en Ciencias en Agroecología es una iniciativa de nueve centros públicos de investigación (CPI) y la Secretaría de Ciencia, Humanidades, Tecnología e Innovación (SECIHTI) que responde a la necesidad de nuevas formas de interacción con las instituciones académicas y con los diferentes actores de la sociedad, que permitan estudiar, generar y/o acompañar los modelos de transición hacia la agroecología, que sean ecológicamente robustos, económicamente viables, socialmente justos y culturalmente apropiados. Es un programa orientado a la investigación científica inter y transdisciplinaria, que contribuya a generar los cambios necesarios para incidir en el bienestar de la sociedad y el ambiente. Su enfoque es tutelar, y abarca agroecosistemas y paisajes bioculturales desde las zonas áridas del noroeste hasta las selvas húmedas del suroriente del país.
El programa es presencial, requiere dedicación de tiempo completo y está dirigido a profesionales con grado de maestría de diversas disciplinas que demuestren en su trayectoria una aproximación teórica y práctica a la agroecología. Para esta segunda generación las personas aceptadas podrán inscribirse en alguno de los siguientes CPI: El Colegio de la Frontera Sur (sede San Cristóbal de las Casas, Chiapas), Instituto de Ecología A.C. (sede Xalapa, Veracruz), Centro de Investigaciones Biológicas del Noreste S.C (sede La Paz, Baja California), Centro de Investigaciones en Ciencias de Información Geoespacial A.C. (sede Ciudad de México y Mérida), Centro de Investigación en Química Aplicada (sede Saltillo, Coahuila) y Centro de Investigación en Alimentación y Desarrollo (sedes Hermosillo y Guaymas, Sonora; Culiacán y Mazatlán Sinaloa; San Agustín Tlaxiaca, Hidalgo; Cuauhtémoc, Chihuahua); la persona directora de tesis deberá estar adscrita al CPI seleccionado, y tendrán un codirector o codirectora en alguno de los ocho centros participantes.
El primer año se cursan las tres asignaturas del tronco común: Agroecosistemas sustentables, Sistemas alimentarios, Transformaciones agroecológicas, que serán impartidos por videoconferencia. Los tres cursos optativos se eligen entre los que se ofrecen de forma presencial en los nueve centros según sus intereses y necesidades de formación. Los siguientes tres años los dedicarán a su investigación acompañados por su comité tutelar que estará integrado por dos codirectores y dos asesores. La investigación de tesis deberá enmarcarse en alguna de las tres líneas de generación y aplicación del conocimiento descritas arriba y tener un enfoque interdisciplinario. Para mantener la cohesión del grupo y facilitar el diálogo, durante los cuatro años participarán por videoconferencia en el seminario transversal semanal, y tendrán encuentros presenciales de una semana al año. Se brindarán facilidades para realizar estancias de campo y para fortalecer vínculos con familias productoras y con organizaciones vinculadas a la producción y consumo de alimentos. Así, personas con experiencia en diferentes áreas del conocimiento podrán formarse para realizar investigación en agroecología que podrían contribuir a preguntas de ciencia básica hasta procesos transdisciplinarios, contribuyendo a una ciencia comprometida con la sociedad, que permita producir alimentos de una forma saludable, justa y culturalmente apropiada para toda la población.