El Colegio de la Frontera Sur (ECOSUR) es el centro de investigación más importante del sureste de México, con presencia en todos los estados fronterizos con Guatemala y Belice. La institución cubre temas de ciencias sociales a ciencias naturales, con el fin de generar un enfoque interdisciplinario, adecuado para el desarrollo sostenible de la región. Con 150 científicos y el mismo número de estudiantes de maestría y doctorado, constituye una fuerza líder para comprender los desafíos para las personas en la región y contribuir a las políticas públicas destinadas a apoyar el desarrollo.

Los enlaces informales entre Ecosur y las organizaciones CJ tienen 20 años, y los enlaces formales se han establecido hace 5 años. Estos enlaces están relacionados principalmente con la producción de café y miel. GIEZCA, el grupo de investigación de Ecosur sobre áreas cafetaleras, ha establecido una colaboración formal con CLAC y la Coordinadora Mexicana de Comercio Justo. Uno de los principales productos ha sido el diseño de pautas para los productores de café para adaptar los efectos del cambio climático a su sistema productivo. En un tema diferente, el Equipo Abejas de Ecosur ha estado colaborando con PAUAL, que luego se convirtió en la red de miel de CLAC. Uno de los productos de la colaboración ha sido la determinación del costo de producción de miel, en 2008, respaldando el precio mínimo actual de la miel en los estándares FLO. Más recientemente, el equipo diseñó junto con CLAC e INTA (Argentina) una guía para la adaptación de la apicultura al cambio climático.