El paisaje primordialmente rural en la FSM se caracteriza por la conjugación entre los índices de desarrollo humano más bajos del país y la concentración de una alta biodiversidad. La región FSM es diversa y compleja en la forma, ubicación y topografía de su territorio, sus ecosistemas y diversidad biológica, su historia, culturas, y sus sistemas productivos.

Las actividades del proyecto se llevarán a 32 municipios de tres estados de la Frontera Sur de México. 26 municipios en Chiapas, y siete de ellos son municipios prioritarios para el Gobierno del Estado con menor IDH ( Marqués de Comillas, Salto de Agua, Oxchuc , Amatenango ,   Chamula , Huixtán , Tenejapa); 4 municipios en Campeche, y 2 municipios en Quintana Roo.

Comprende dos regiones de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas conocidas como Región Frontera Sur, Istmo y Pacífico Sur y Península de Yucatán, en particular el área de influencia de las Reservas de la Biosfera Montes Azules, Volcán Tacaná, La Sepultura, El Ocote, Los Petenes y Sian Ka´an.

Se tendrá además impacto en una cuenca hidrológica compartida con el país vecino de Guatemala.