El objetivo de esta línea es:
Diseñar sistemas de producción alternativos y comprender los factores y las interacciones que limitan o potencian su desarrollo para una producción sustentable en la frontera sur de México. Se desarrollan participativamente con las comunidades campesinas alternativas de producción para maíz, café, ganadería, huertos familiares, acahuales, producción de miel y bosque, con la finalidad de mantener la producción al mismo tiempo que se conservan los recursos naturales.
Los sistemas silvícolas son aquellos que se refieren al manejo del bosque natural o a plantaciones forestales; mientras que los sistemas agroforestales son la combinación de árboles con cultivos o ganadería, ya sea en rotaciones o simultáneamente en la misma unidad de área.
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