Ser un grupo académico consolidado y reconocido a nivel regional, nacional e internacional, por la calidad de sus investigaciones sobre los ecosistemas del sureste de México, su funcionamiento (interacción/adaptación/transformación) tanto en condiciones naturales como bajo la acción humana. Así como, por la contribución de las mismas en la identificación de problemas a nivel de los ecosistema y los paisaje terrestres presentes en la región sureste de México, con énfasis en la península de Yucatán y la región del Soconusco, así como la propuesta de pautas para su solución.

1. Generar conocimiento sobre la crisis ambiental actual en la región, bajo diferentes enfoques y disciplinas.
2. Entender los cambios, transformaciones y/o transiciones en los ecosistemas (pasado, presente, futuro) de la región, generados tanto por factores naturales como antropogénicos.
3. Estudiar los impactos de estos cambios en las comunidades vegetales desde una perspectiva de ecología de paisaje.
4. Estudiar la interacción clima-sociedad-vegetación-ecosistema desde una perspectiva espacio temporal, con la finalidad de obtener una comprensión integrada del funcionamiento de los ecosistemas regionales.
5. Aportar información relevante para el establecimiento de modelos de cambio, que permitan desarrollar escenarios y proyecciones relevantes para la región.
6. Promover la colaboración entre los Herbarios de ECOSUR Chetumal y Tapachula y los Jardínes Botánicos de Puerto Morelos y Soconusco en aspectos de taxonomía y ecología de la flora de la península de Yucatán y el Soconusco.
7. Posicionar los JB como centros de conservación.
8. Estudiar la ecología de las abejas nativas principalmente en lo que se refiere a su comportamiento de forrajeo y los recursos néctar-poliníferos que utiliza en relación a la fenología floral y la vegetación. También  analizar la competencia que se establece entre estas abejas y las africanizadas (Apis mellifera) por los recursos alimenticios.
9. Atendiendo  a un plan estratégico de conservación y manejo de las abejas sin aguijón (principalmente Melipona beecheii) realizar acciones que permitan su protección y el rescate de la meliponicultura en la Península de Yucatán.
10. Realizar estudios ecológicos que permitan la conservación de los polinizadores, de la Península de Yucatán, principalmente las abejas nativas.
11. Estudiar la ecología, y promover la conservación, restauración y aprovechamiento sustentable de las orquídeas y otras especies de plantas en peligro de extinción y/o con potencial como plantas de ornato.