La Unidad Chetumal tiene sus antecedentes en el Centro de Investigaciones de Quintana Roo, fundado en 1979 y transferido a ECOSUR en 1995. Tiene un fuerte componente de investigación en ecología y sistemática en ambientes acuáticos, pesquerías artesanales, contaminación y oceanografía física, pero también cuenta con expertos en ecología y sistemática terrestre, cambio climático y recientemente abrió su línea de investigación en estudios de migración y salud.