El Departamento de Sistemática y Ecología Acuática desarrolla investigación en tres grupos académicos (Estructura y función del Bentos, Zooplancton y Oceanografía y Sistemática, Ecología y Manejo de Recursos Acuáticos), alrededor de los siguientes ejes temáticos basados principalmente en el estudio de las comunidades acuáticas principales de acuerdo con su ubicación, sean del fondo del mar (bentos), de la columna de agua con capacidades limitadas de contrarrestar el efecto de las corrientes (plancton), de aquellos que por sus dimensiones corporales pueden nadar independientemente de las corrientes mencionadas (necton), de los procesos oceanográficos oceánicos y costeros, y el manejo de recursos acuáticos.