El Departamento de Sistemática y Ecología Acuática desarrolla una variedad de tópicos de investigación sobre sistemática y ecología de la flora y fauna de ambientes acuáticos, desde las aguas continentales hasta la zona oceánica, incluyendo la caracterización física y de procesos de estos ambientes. Así también su temática se dirige al conocimiento, diseño y evaluación de sus recursos con énfasis en el manejo.

Se abordan diferentes temas desde la taxonomía hasta estudios ecológicos con temas de especies amenazadas, invasoras, indicadoras y carismáticas. Las áreas geográficas principales son los sistemas acuáticos en México enfatizando, con especial énfasis en la frontera sur y el Caribe, y particularmente el Sistema Arrecifal Mesoamericano. Adicionalmente, se realizan estudios en otras regiones de México y de escalas planetarias.

La misión del Departamento de Sistemática y Ecología Acuática es promover la investigación científica de alto nivel para la generación de conocimiento y la formación de recursos humanos en el ámbito de los ecosistemas acuáticos desde el punto de vista sistémico, ecológico y de manejo.

La visión es ser un grupo de trabajo de excelencia académica de referencia a nivel nacional e internacional en cuanto al estudio de los ecosistemas acuáticos, así como su conservación y manejo sustentable.

El Departamento de Sistemática y Ecología Acuática desarrolla investigación en tres grupos académicos (Estructura y función del Bentos, Zooplancton y Oceanografía y Sistemática, Ecología y Manejo de Recursos Acuáticos), alrededor de los siguientes ejes temáticos basados principalmente en el estudio de las comunidades acuáticas principales de acuerdo con su ubicación, sean del fondo del mar (bentos), de la columna de agua con capacidades limitadas de contrarrestar el efecto de las corrientes (plancton), de aquellos que por sus dimensiones corporales pueden nadar independientemente de las corrientes mencionadas (necton), de los procesos oceanográficos oceánicos y costeros, y el manejo de recursos acuáticos.